Nachdem im Jahre 1841 ein verheerender Brand das gesamte Anwesen in Schutt und Asche gelegt hatte, baute man 1842 nicht nur das seit 1492 betriebene Gasthaus wieder auf, sondern errichtete gleichzeitig eine Bierbrauerei. Der damals 25 jährige Franz Schnaitl erlernte das Brauhandwerk zunächst bei Kasper Moser in Henndorf, danach im Augustinerbräu in München.1843 braute Franz Schnaitl sein erstes Bier in Gundertshausen, bescheidene 36 Eimer. 1846 waren es 6.000 Eimer und 1852 wurden bereits 13 Wirte beliefert. Von 1857 bis 1862 braute Franz Schnaitl in der Brauerei Würzingers in Neukirchen. Der damals 45 jährige heiratete die 27 jährige Theresia König, Bräuerstochter aus Fillmannsbach. Doch schon ein Jahr nach der Hochzeit versetzte ein Brand, der die Ökonomiegebäude einäscherte, das jungvermählte Paar in tiefen Schrecken. Zum Glück konnten Brauerei und Gasthof gerettet werden und Franz Schnaitl fing sogleich an, den Besitz wesentlich zu erweitern. 1874 ließ er die Straße über den Weinberg auf die heutige Höhe bringen. Um diese Zeit traf Herrn Schnaitl ein schwerer Schicksalsschlag: Eine Lähmung an den Beinen fesselte ihn 23 Jahre an den Rollstuhl, bis der hochgeachtete Mann 1896 verschied. Er hinterließ seinen einzigen Sohn Matthias und seine Frau Maria Theresia Schnaitl, die 1916 verstarb.

1895 übernahm Matthias Schnaitl I. den gesamten Besitz und führte ein Jahr später Anna König, Bräuerstochter aus Fillmannsbach, zum Traualtar. Auch der erste Matthias aus dem Geschlecht der Schnaitl trug den Geist und die Tüchtigkeit seines Vaters in sich. So vermochte er durch Vergrößerung und Verbesserung des Betriebes trotz großem Konkurrenzdruck den Jahresumsatz zwischen 1896 und 1910 von 6.500 auf 13.000 Hektoliter zu verdoppeln. Wie schon seinem Vater gelang es auch ihm, den Besitz trotz zweier Brände erheblich zu vergrößern. Aus der Ehe mit Anna entsprossen vier Kinder: Franz, benannt nach dem Großvater, Matthias nach dem Vater, Theresia nach der Großmutter und Anna nach der Mutter. Nach dem ersten Weltkrieg, beide Söhne kämpften als Frontsoldaten, starb Matthias Schnaitl I. 1919 völlig unerwartet, seine Anna folgte ihm 29 Jahre später.

Im Jahre 1922 gründete der 26 jährige Ing. Matthias Schnaitl II. mit vier Nachbarn ein Elektrokonsortium und ließ den Strom von Michaelbeuern über Moosdorf nach Gundertshausen leiten und brachte erstmals elektrisches Licht ins Gemeindegebiet. Das Jahr 1925 brachte zwei bedeutende Veränderungen in sein Leben: Ehestand und Alleinveranwortung über Betrieb und Besitz. 1925 feierte er Hochzeit mit Maria Heuberger, Tochter des Sägewerkbesitzers Augustin Heuberger in Thalgau. Der Ehe entsprossen sieben Kinder: Felizitas, Lotte, Annemarie, Auguste, Theresia, Matthias und Christine. Das familäre Glück konnte jedoch nicht über die wirtschaftlich schlechten Zeiten hinwegtäuschen. 1930 sank der Jahresumsatz unter 5000 hl, erst 1956 stieg er wieder auf über 10.000 hl an. Mit Matthias Schnaitl II. starb 1959 ein Mann, der es im Leben trotz vieler Schwierigkeiten zu Ansehen, Achtung und Beliebtheit gebracht hatte – dank seiner Tüchtigkeit, seines lauteren Charakters und seines konzilianten Wesens. 1983 starb Maria Schnaitl. Sie war die wohl letzte Brauersgattin, die nach alter Gepflogenheit von Betriebsangestellten und Hausgesinde noch respektvoll mit "Frau" angesprochen wurde.

Mit 23 Jahren übernahm Ing. Matthias Schnaitl III. 1959 den Brauereibetrieb und setzte neue Akzente. So wurde 1960 die Fa. J. Ober/Braunau erworben (Limo-Soda), um die Almdudlerkonzession zu erhalten. 1965 nahm man den Neubau des "Schnaitl-Bräu" in Angriff, welches bereits 1968 neu eröffnet wurde. 1972 folgte der Bau einer modernen Flaschenfüllerei. Für die Umstellung von Holz- auf Stahlfässer waren logistische und dispositive Gründe ausschlaggebend. Es folgten Übernahmen der Brauereien Riegerting 1981, Höhnhart 1983 sowie Noppinger 1985. Abseits der Brauerei investierte Ing. Matthias Schnaitl viel Energie in die Heimatpflege. So übergab er der Gemeinde Eggelsberg per Stiftung das Heimathaus Rauhberg und ließ 1984 das Bräukircherl restaurieren, welches durch Bischof Maximilian Aichern eingeweiht wurde. Im Jahr 1987 zeigte sich das Bürogebäude mit hervorragenden infrastrukturellen Einrichtungen in neuem Glanz. Nachdem die Brauerei komplett umgebaut bzw. neu gebaut worden war, konnten durch die nun erreichte Qualität unzählige Prämierungen und Auszeichnungen erobert werden. 1988 begann es mit der Goldmedaille der Monde Selection, die auf Anhieb erreicht wurde. 1989 gelang der wohl größte Erfolg der Brauerei der letzten 150 Jahre. Die Zeitschrift "Konsument" kürte das Schnaitl Pils zum "besten Pilsbier" Europas. Es folgte 1991 und 1992 wiederum die Goldmedaille bei der Monde Selection. Im Jahre 1991 wurde, um die Qualität beim Faßbier langfristig zu sichern, eine vollautomatische Faßfüllanlage angeschafft und mit einer kleinen Feier eingeweiht. 1992 feierte die Brauerei ihr 150-jähriges Bestandsjubiläum mit einem denkwürdigen 3-Tage-Fest mit allen Gastronomiekunden, der Gemeindebevölkerung und vielen Liebhabern unseres Bieres. Die Weichen für eine erfolgreiche Zukunft waren gestellt.

Ein Jahr später, 1993, kaufte die Familie die „Stechl“-Brauerei, in der schon seit 1979 kein Bier mehr produziert wurde, und den dazugehörigen Braugasthof in Braunau. Seit 1996 gibt es mit der „Bayern Weisse“ eine eigene Weißbiermarke, die – damit mit der Ursprungsgarantie geworben werden kann – aus rechtlichen Gründen in einer niederbayerischen Brauerei gebraut wird. 2001 erfolgte die Auslagerung der Flaschenabfüllung nach Grieskirchen, nachdem die alte Flaschenfüllerei verkauft worden war. Mit Matthias Schnaitl IV. übernahm im Jahre 2002 die nächste Generation die Geschäftsführung. Seitdem nimmt man mit den Bieren regelmäßig und sehr erfolgreich an Qualitätsbewerben teil, wie der DLG–Auszeichnung, der Monde Selection, dem Austrian Beer Award, dem Culinarix, dem Brauring Qualitätssiegel und dem Meininger Award. 2006 eröffnete der bisherige Stechl-Keller neu als nun ganzjährig geöffneter Betrieb, dem Schnaitl Stadtgasthaus. Es folgte ein weiterer wichtiger Umbau: der Schnaitl Braugasthof in Gundertshausen ist seit 2012 ein Drei-Sterne-Hotelbetrieb und Veranstaltungsort mit Gastronomie. Das Augenmerk auf die Rohstoffe einer Bierproduktion lenkt seit 2010 ein Hopfenschaugarten direkt neben der Schnaitl Brauerei. Außerdem wird seit 2012 auf den brauereieigenen Landwirtschaftsflächen wieder Braugerste angebaut. Im Jahre 2013 stieg die Produktion der Schnaitl Biere auf den Spitzenwert von 12.500 Hektolitern. Bis heute sind unter der Leitung von Matthias Schnaitl IV. mehrere neue Sorten eingeführt worden: Schnaitl „Dunkel“ in Fass und Flasche (2006), Schnaitl „Radler naturtrüb“ (2012), Schnaitl „Maibock“ (2013) und 2015 erstmalige Produktion und sehr erfolgreiche Einführung des weihnachtlichen Festbiers „Stille Nacht“.